故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾...

当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。

琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

2019年，世界被人工智能Humagear统治，身处不同世界的假面骑士ZERO-ONE和假面骑士ZI-O奇迹般地相遇。虽然二人都是为了拯救世界，但等待着他们的究竟是携手还是对立？父亲的梦想、儿子的梦...

持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。

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鲁邦终于被捕了，他的结局是上绞刑架被处死，医学报告证实了这个已经被处死的犯人正是鲁邦本人。然而钱形警部深信死了的这个绝不是真正的鲁邦……本作为鲁邦三世第一部剧场版，于1978年12月16日上映。