“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
一对一起做实验的高中校友守着一个秘密：其中之一的Marshall发现了全世界最厉害的药物，是一种可以治愈几乎一切病痛的蘑菇。但是，要将它介绍给全世界是非常艰难的：美国缉毒局、大型制药公司和国际上的商人们都想阻止其面市。
